Faktura VAT wewnętrzna jest szczególnym dokumentem, której obowiązek wystawiania opisuje art. 106 ust. 7 ustawy o podatku od towarów i usług.

Zgodnie z tym przepisem, Podatnicy, którzy wykonują czynności wymienione w art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, dokonujący wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, dostawy towarów, dla której podatnikiem jest ich nabywca oraz importu usług wystawiają faktury wewnętrzne. Za dany okres rozliczeniowy podatnik może wystawić jedną fakturę dokumentującą te czynności dokonane w tym okresie.

Faktury wewnętrzne są wystawiane także dla udokumentowania zwróconych kwot dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze. Zasady wystawiania faktur wewnętrznych sprecyzował Minister Finansów w rozporządzeniu z dnia 28 listopada 2008r. do ustawy o podatku od towarów i usług.Podatnik wystawiając faktury wewnętrzne opodatkowuje daną transakcję, wykazując podatek należny w deklaracji VAT-7.

W oparciu o § 13 ust. 1 rozporządzenia, Podatnik, ma prawo do wystawienia wewnętrznej faktury korygującej, w sytuacji, gdy udzielił rabatów po wystawieniu faktury (art. 29 ust. 4 ustawy); kiedy podwyższono cenę, stwierdzono pomyłkę w cenie, stawce lub kwocie podatku (§ 14 ust. 1 rozporządzenia). Może się również zdarzyć, że firmy pomyłkowo zakwalifikują zdarzenie gospodarcze do opodatkowania podatkiem należnym, dokumentując je fakturą wewnętrzną.Przykładem omawianegoproblemu jest sytuacja, kiedy oddział w Polsce niepotrzebnie opodatkował nabycie usług od macierzystej spółki z siedzibą w UE. Czynności wykonywane w ramach tej samej osoby prawnej nie podlegają VAT, dlatego dokumentująca je faktura wewnętrzna została wystawiona błędnie.

W przypadku czynności nie podlegającej opodatkowaniu VAT, którą pomyłkowo udokumentowano fakturą wewnętrzną naliczając VAT należny, Podatnik ma prawo do korekty rozliczenia VAT poprzez wystawienie korygujących faktur wewnętrznych. Zgodnie z § 23 ust. 2 w/w rozporządzenia, wewnętrzne faktury korygujące można wystawić w jednym egzemplarzu i należy je przechowywać w dokumentacji.

Moment ujęcia powyższej korekty podatku od towarów usług rozstrzyga art. 29 ust. 4a ustawy o VAT, zgodnie z którym, obniżenia podstawy opodatkowania o wartość kwot wynikających z korekt faktur dokonuje się pod warunkiem posiadania, przed upływem terminu do złożenia deklaracji podatkowej za dany okres rozliczeniowy, potwierdzenia otrzymania korekty faktury przez nabywcę. Wystawca korygującej faktury wewnętrznej jest równocześnie jej odbiorcą, więc nie jest konieczne uzyskanie potwierdzenia otrzymania przez nabywcę tej faktury. Moment wystawienia faktury korygującej będzie również momentem jej otrzymania.

W świetle powołanych przepisów, Podatnik, który błędnie wystawił fakturę wewnętrzną sporządza wewnętrzną fakturę korygującą. Jest On uprawniony do korekty podatku należnego w deklaracji VAT-7 za okres, w którym wystawione zostały faktury korygujące do wystawionych faktur wewnętrznych, na których błędnie wykazano podatek należny.